Sáng nhấp nháy chắc là do bạn quét tần số còn thấp nên thấy hiện tượng nhấp nhạy, bạn có thể cho giải thuật quét vào timer để nó tự động quét 6 dàn led.
Bộ nhớ của PIC 16F887 là 14Kb, bạn có thể dùng thêm eeprom của nó 256 bytes, thêm được tí :)
Mình chưa làm led cube nhưng theo mình xem...